Barrapunto

, por cierto, está en una web de carácter religioso, pero si no lo lees, no podrás negar su validez:
No solo puedo negar su validez, sino que creo que debo hacerlo. :)

Del texto que has sugerido:
Antes que uno decida que la Teoría de la Evolución sea la mejor explicación de la existencia del presente mundo de formas vivas, se deberían examinar todas las implicaciones que pueda tener tal teoría.
Desde luego que se han examinado todas las implicaciones de a Teoría de la Evolución. La Teoría de la Evolución se usa en campos tan diferentes como la psicología para explicar el comportamiento humano como en el desarrollo de algoritmos de ordenador.

La primera presuposición es que la materia viva se originó en base de la materia inerte; esto es, se presupone que hubo una generación espontánea.
En realidad la Teoría de la evolución trata de entidades que se replican. Antes de la vida no hay evolución. El origen de la materia orgánica lo trata la ciencia química y física y no entra dentro del campo de la evolución.

La tercera presuposición es que los virus, las bacterias, las plantas y los animales están todos interrelacionados.
Esto no es ninguna presuposición. Se han estudiado los diferentes seres vivos y se ha encontrado la relación entre ellos. La única forma en que todos los seres vivos no estén relacionados es una Increible casualidad. Una casualidad del estilo de entrar en una habitación y encontrar a diez personas exactamente igual que tú a pesar de no tener ningún parentesco.

La cuarta presuposición es que los Protozoos dieron origen a los Metazoos.[...]
Y se repite el argumento que la relación entre especies, reinos animales, etc. es tan sólo una suposición.

Lo primero que quisiera decir acerca de ello es que estas siete presuposiciones son, por su propia naturaleza, incapaces de verificación experimental.
Hay que diferenciar aquí dos puntos de vista.
1.- ¿Los seres vivos están sometidos a la fuerza de la evolución? Esto puede verificarse experimentalmente. Ha sido probado en innumerables ocasiones.
2.- ¿Exactamente que camino siguieron los seres vivos actuales? Esto es otra pregunta diferente que intentan resolver los paleontólogos. Y no es cuestión tanto de experimentar como de encontrar registros fósiles.

Por comparación: La psicología intenta explicar porqué se comportan los seres humanos como lo hacen. Y para ello se realizan experimentos. La historia intenta explicar como se comportaron ciertos seres humanos. Y para ello se reunen registros históricos.

El artículo después saca de contexto historico unas palabra que Darwin aplicó a sus contemporáneos, acusandolos de dogmáticos, y lo aplica a los científicos de un siglo después.

La genética ... describe a genes que se reproducen fielmente excepto cuando mutan, y en este caso lo que tiene lugar es o bien la muerte o bien la pérdida de vigor.3
¿Desde cuando los genes mutados siempre producen la pérdida de vigor o la muerte?
¿O acaso la adaptación de las bacterias a los antibióticos son mutaciones perjudiciales? Almenos para las bacterias. :)
Ocurre los mismo con los mosquitos y las mutaciones que los hacen resistentes al DDT.

Todos los paleontólogos saben que el registro fósil contiene bien poca cosa en cuanto a formas de transición; las transiciones entre los grupos principales son característicamente abruptas
El registro fósil no contradice en ningún momento que los seres vivos se han sido "diseñados" por la fuerza de la evolución. Pero es cierto que no tenemos, ni tendremos nunca todos los fósiles.

El artículo no solo contiene argumentos falsos sino que también saca de contexto textos escritos por famosos biólogos.
Me gustaría ponerte mejores ejemplos y más pruebas, pero eso ya sería mucho para un comentario en Barrapunto. Por ello me gustaría recomendarte un par de libros:

Te recomiendo que leas a Richard Dawkins. En el "